Samarbetet avgörande inom SCAPIS genetik

The Swedish Cardiopulmonary bioimage study (SCAPIS) är en nationell populationsbaserad kohort som syftar till att studera kardiovaskulära sjukdomar och kronisk obstruktiv lungsjukdom (COPD). Med sina 30 000 deltagare i åldrarna 50-64 år är SCAPIS ett världsunikt projekt och den hittills största populationsbaserade studien i Sverige inom hjärta, kärl och lungor.

Studien, som är indelad i flera delar, innefattar bland annat ”Scapis Genetik”, ett delprojekt med syfte att genotypa hela provsamlingen. Karolinska Institutets biobank (KIBB) har uppdraget att extrahera DNA för alla individerna i studien men också att förvara det extraherade DNA:t och de återstående blodproven för de prov som ingår i detta delprojekt.

Eftersom proverna i studien är distribuerade på sex sjukvårdsregioner, i sex olika biobanker, krävdes noggrann planering, IT-utveckling och samordning för att få allt att gå ihop.

– De största utmaningarna var att de medverkande biobankerna har olika rörtyp samt olika streckkodsformat. Det fanns också regulatoriska utmaningar men dessa löstes genom ett bra samarbete inom Biobank Sverige. I dagsläget är cirka 40% av proven extraherade och skickade till SciLifeLab för genotypning. Det som har varit direkt avgörande i den här processen är dels vårt interna samarbete på KIBB men också ett tätt samarbete med SciLifeLab, SCAPIS och Biobank Sverige, säger Sanela Kjellqvist, chef för IT och kundrelationer vid KIBB.